年度中曾暫停營業之營利事業，仍應依規定辦理年度結算申報，而在年度中解散、廢止、合併或轉讓之營利事業，應於解散、廢止、合併或轉讓之日起45日內辦理決算申報，至於清算期間之清算所得，應於清算結束之日起30日內辦理申報。其相關申報程序說明如下：
- 營利事業遇有解散、廢止、合併或轉讓情事時，應隨時就已扣繳稅款數額填發扣繳憑單並於10日內辦理扣繳憑單申報，另應於主管機關核准解散、廢止、合併、轉讓之日起45日內，辦理當期決算申報，也就是應於上開規定期限內，依規定格式，向稅務機關申報其截至解散、廢止、合併、轉讓之日止的營利事業所得額及應納稅額，並於提出申報前自行繳納。所稱「主管機關核准之日」係指主管機關核准文書發文日。
- 營利事業在清算期間之清算所得，應於清算結束之日起30日內，依規定格式書表向稅務機關申報，並於申報前依照申報當年度所適用之營利事業所得稅稅率自行計算繳納，但依其他法律得免除清算程序者，如合併、分割或破產而解散者可免辦清算申報。所稱「清算期間」，如果是公司組織，則依公司法規定之期限；如非屬公司組織，則自解散、廢止、合併或轉讓之日起3個月為清算期間。
